تستهدف وزارة المال من تطبيق نظام ميكنة إدارة المعلومات المالي الحكومية، رفع مستوى الشفافية والإفصاح عن كافة المعاملات المالية الحكومية، وزيادة القدرة على المراقبة المركزية، ومتابعة المصروفات والمتحصلات في الوزارات والمصالح، وزيادة قدرة الحصول على المعلومات التي تتعلق بكل من الأداء المالي والتشغيلي، والوضع المالي للحكومة، الأداء الاقتصادي، وتَحّسُن التخطيط المالي على المدى المتوسط، وزيادة القدرة على فهم التكاليف التي تتعلق بمجموعات الأنشطة والمهام.

 وتسعى إلى إرساء مقومات تطبيق موازنة البرامج والأداء كخطوة أولى، وأساسية لتيسير الاتجاه نحو تفعيلها، ورفع مستوى الدقة في تقديرات الموازنة، ورفع كفاءة وفاعلية عمليات إعداد الموازنات الحكومية، ورفع كفاءة إدارة الدين العام، ورفع فاعلية التخطيط النقدي المستقبلي، ورفع كفاءة تنفيذ الموازنة، وإعداد الحسابات الختامية بالسرعة والدقة المطلوبة، وتوفير آلية واضحة لمتابعة طلبات الشراء واستلام السلع والخدمات، ورفع كفاءة وفاعلية تنفيذ إجراءات وضع المطالبات المالية، لاختصار الوقت والجهد في حصر إيرادات الخزينة.

ويهدف نظام الميكنة إلى تحسين الرقابة الذاتية والوقائية للعمليات المالية، والحد من الأخطاء، تحسن نوعية البيانات والمعلومات من حيث الدقة والشمولية والتوافق.