في اطار التعاون بين محافظة الأقصر ووزارة الصحة شهد عام 2016 العديد من الجهود المشتركة بين الجانبين بالإضافة إلى التعاون مع العديد من منظمات المجتمع المدني لرفع مستوى المنظومة الصحية بالأقصر والتي شملت استمرار العمل في مشروعات تطوير كافة مستشفيات الأقصر، والتي بدأت في منتصف عام 2015 لتطوير كافة مستشفيات الأقصر بتكلفة قاربت المليار جنيه.

وتشمل أعمال التطوير والإنشاء في المنشئات الصحية في محافظة الأقصر، إنشاء مستشفى إسنا الجديدة بتكلفة 160 مليون جنيه، وإنشاء مستشفى أرمنت بتكلفة 140 مليون جنيه، وإنشاء مستشفى العديسات بتكلفة 95 مليون جنيه، وتطوير مشتشفى الأقصر العام بتكلفة 111 مليون جنيه، وتطوير مستشفى البيباضية المركزي بتكلفة 127 مليون جنيه، وتطوير مستشفى  إسنا المركزي بتكلفة4.1 مليون جنيه بالتعاون مع جمعية الأورمان وتطوير مستشفى الأقصر الدولي بتكلفة 33 مليون جنيه  للمرحلة الأولى هذا بالإضافة إلى التجهيزات الطبية والأثاثات التي تتجاوز تكلفتها الـ450 مليون جنيه.

كما شهد عام 2016 افتتاح وحدة الحضانات الجديدة التابعة للمديرية والتي تضم 30 حضانه منها 16 حضانات قامت بتوفيرها وزارة الصحة والباقي تبرعات من الأهالي ومن مؤسسة اسمعونا، وكذلك افتتاح المرحلة الأولى من مستشفى شفاء الأورمان لعلاج السرطان بعد أن تم ضغط الجدول الزمني للعمل ليصبح 15 شهر بدلا من 36 وتم افتتاح المرحلة الأولى في مايو 2016 لتقوم المستشفى بتقديم الخدمة لأهالي محافظات جنوب الصعيد وتزيل عن كاهلهم عبء ومشقة السفر الدائم لتلقى العلاج وافتتاح أول مركز لعلاج فيروس الذى قام بإنشائه صندوق تحيا مصر ضمن الحملة القومية للسيد رئيس الجمهورية عبدالفتاح السيسي والتي يقوم بها صندوق تحيا مصر لعلاج فيروس c سعيا  للقضاء على مشكلة نقص الأطباء التي يعانى منها القطاع الصحي بالأقصر.
 
كما قامت وزارة الصحة بالاتفاق مع البنك الدولي على تنفيذ مشروع لتوفير عدد من الأطباء للعمل بالوحدات الصحية التي تعانى من عدم وجود أطباء لها وتم التعاقد مع 18 طبيب حتى الآن كما تم توقيع اتفاقية تعاون بين المبادرة المصرية للتنمية المتكاملة (نداء) التابعة لوزارة التعاون الدولي - البرنامج الأنمائي للأمم المتحدة ومديرية الصحة لتطوير الوحدات الصحية لدعم وتطوير وحدة النجوع بحرى الصحية - النواصر بمركز ومدينة إسنا، وفقاً لنموذج طب الأسرة بكافة تفاصيله كما قامت  مؤسسة الزكاة بالتعاون مع نواب البرلمان بإسنا بتوفير 10 وحدات للغسيل الكلوي بمركز ومدينة إسنا.
 
كما قامت وزارة الصحة بتنفيذ 47 قافلة طبية في مختلف التخصصات شملت مختلف مدن ومراكز المحافظة شملت تخصصات عدة من بينها (باطنة – أطفال – نساء – جراحه – أنف وأذن – جلدية – مسالك بولية –عظام – أسنان )  كما تم بدء برنامج بالتعاون بين وزارة الصحة ووزارة الهجرة لاستقدام خبراء المصريين في الخارج للعمل في مستشفيات مصر لتدريب شباب الأطباء المصريين بمصر، حيث شهدت المستشفى الدولي بالأقصر أولى فعاليات البرنامج وتم استقدام الخبير البريطاني من أصل مصري سامح ألفونس المتخصص في جراحات العظام لإجراء عمليات بالأقصر.