قررت لجنة أزمات مجلس علماء مصر، تحويل الدكتور هاني الحفناوي، عضو المجلس ونائب الرئيس السابق شرفيًا، للتحقيق، وذلك لعدم التزامه بالقرارات الجماعية التي يتخذها المجلس، والانفراد بالحديث عن الفساد بأسماء وزراء حاليين على صفحاته بمواقع التواصل الاجتماعي، بالإضافة إلى استخدامه اسم المجلس في ترويجه الإعلامي لقضايا فساد لم يبت فيها المجلس بإقرارها، لعدم توافر مستندات أو نموذج عرض منها.